Les symptômes, qui peuvent être légers à graves, sont notamment un mal de ventre, des crampes aiguës, un sentiment de ballonnement, des flatulences ou encore des problèmes pour aller à la toilette. Il y a des périodes où aucun symptôme ne se manifeste et d'autres où ils sont quotidiens. Certaines personnes souffrent même constamment de mal de ventre. Les études à long terme démontrent que ce syndrome n'entraîne pas une diminution de l'espérance de vie. 

Les symptômes comme le mal de ventre commencent souvent pendant ou juste après le repas. Ils disparaissent généralement après être allé à la toilette ou après avoir évacué des gaz. La douleur se ressent le plus souvent en bas à gauche du ventre ou autour du nombril.

Certaines personnes ont souvent de la diarrhée tandis que d'autres sont, au contraire, constipées. D'autres encore souffrent tantôt de diarrhée, tantôt de constipation.

La sensation de gonflement est parfois visible. En effet, le ventre peut grossir pendant la journée. Cela se produit lorsqu'une quantité de gaz excessive apparaît en raison de bactéries qui se trouvent - normalement - dans les intestins. Il convient alors de desserrer sa ceinture de quelques crans.

Un intestin irritable va parfois de pair avec d'autres symptômes, comme une perte d'appétit, des flatulences (ballonnement), des gargouillements et des renvois. Sans oublier des douleurs ou des aigreurs d'estomac, de la fatigue, un mal de tête ou autres qui peuvent également se manifester.